解:(1)∵DE⊥平面ABCD,∴DE⊥AC,∵ABCD是正方形,∴AC⊥BD,又DE∩BD=D,∴AC⊥平面BDE.
(2)∵DE⊥平面ABCD,∴∠EBD就是BE與平面ABCD所成的角,即∠EBD=60°.
∴

=

.由AD=3,得DE=3

,AF=

.
如圖所示,分別以DA,DC,DE所在直線為x軸、y軸、z軸建立空間直角坐標系,則A(3,0,0),F(3,0,

),E(0,0,3

),B(3,3,0),C(0,3,0),

∴

=(0,-3,

),

=(3,0,-2

).
設平面BEF的法向量為n=(x,y,z),則

,即

.
令z=

,則n=(4,2,

).
∵AC⊥平面BDE,
∴

=(3,-3,0)為平面BDE的一個法向量,
∴cos〈n,

〉=

=

=

.
又二面角F-BE-D為銳角,故二面角F-BE-D的余弦值為

.
(3)依題意,設M(t,t,0)(0≤t≤3),則

=(t-3,t,0),
∴AM∥平面BEF,∴

·n=0,
即4(t-3)+2t=0,解得t=2.
∴點M的坐標為(2,2,0),此時

=


,
∴點M是線段BD上靠近B點的三等分點.